嬰兒出生時眼睛的顏色與遺傳因素有關，大多數情況下是黑色。如果受到外界刺激或疾病影響，也可能出現其他顏色，如藍色、灰色等。
一般情況
父母雙方眼瞼偏黑，則新生兒的眼色通常為黑色，後期會逐漸發白。若父母雙方有一方眼睛小部分為藍眼珠，則可能呈淡藍色，但大部分嬰兒的雙眼顏色一致。此外，由於剛出生的嬰兒角膜透明度較差，可能會呈現為混濁狀態，待眼球發育完善後可恢復正常。
異常情況
先天性弱視
是指矯正視力低於正常兒童，且眼部無器質性病變的一種現象，主要表現為眯縫眼看東西、立體視覺差等症狀。而嬰兒在母親子宮內長期處於昏暗環境，光線不足導致視網膜無法充分發育，進而引起弱視的情況發生。建議家長儘早帶其到醫院進行治療，在醫生指導下透過遮蓋療法、壓抑療法等方式改善症狀。
鞏膜色素沉著症
是一種染色體顯性遺傳病，由常染色體隱性疾病所致，臨床可見嬰兒雙側或單側球結膜和鞏膜出現均勻的黃白色斑點。隨著年齡增長，鞏膜外觀色澤變為淺灰黃色，嚴重者可波及整個鞏膜，甚至蔓延至暴露部位的皮膚。目前尚無有效治療方法，日常需注意避免強光照射，必要時也可遵醫囑使用阿托平(Atropine)散瞳，以促進睫狀肌麻痺，防止調節痙攣。
白化病
屬於基因突變所引起的遺傳病，主要是因為酪氨酸酶功能減退或缺乏，導致全身皮膚、毛髮以及附屬器官產生黑色素障礙，從而造成嬰兒眼睛及其他部位顏色發白的現象。患兒可在醫生指導下服用維生素A軟膠囊、普賴鬆(Prednisone)等藥物緩解不適症狀。
虹膜異色症
病因尚未明確，考慮是由多種原因共同作用的結果，常見於盤尼西林類抗生素過敏史、家族遺傳等情況。該病會導致患者體內代謝紊亂，使身體內的色素分泌失調，繼而誘發一系列併發症，比如葡萄膜炎、水晶體渾濁等。一旦確診應立即給予針對性治療，例如遵醫囑應用甲硫酸新斯的明注射液、溴丙胺太林(Bromopyracetophenone)等藥物。
除以上相對常見原因外，還有可能是缺鐵性貧血等原因導致，家長發現嬰兒眼睛顏色異常時應及時就診，以免延誤病情。
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