早晨咳痰可能是非疾病因素導致的，也可能是感冒、慢性咽炎等疾病因素所致。此外，若患者存在肺炎、肺膿腫、支氣管擴張症、肺結核等情況時也會出現此類症狀。
非疾病因素
如果前一天晚上吃了刺激性食物或喝水較少引起上火，可能會導致第二天晨起咳嗽、有痰的情況，此時屬於正常現象，不用過於擔心，注意調整飲食結構並適當多飲水即可逐漸改善。
病理因素
感冒
受涼後身體免疫力下降，細菌或病毒容易侵入呼吸道黏膜而導致感冒，就會出現咳嗽、咳痰等症狀，並且還可能出現流鼻涕、打噴嚏以及發燒等情況。建議遵醫囑使用Paracetamol/Amantadine、連花清瘟膠囊等藥物進行治療。
慢性咽炎
可能與長期張口呼吸、大聲說話等因素有關，由於咽喉部受到不良刺激可引發發炎反應，表現為頻繁乾咳、嗓子疼痛、異物感明顯、分泌物增多、聲音嘶啞等不適。晨起時因體位改變而使痰液刺激區域性神經，進而出現上述情況。對此需遵醫囑應用阿莫西林（Amoxicillin）、金嗓利咽丸等藥物治療。
肺炎
通常由病原微生物感染造成，如流感病毒、副流感病毒等，也可繼發於細菌感染，比如葡萄球菌、鏈球菌等。患病以後會導致患者出現咳嗽、胸痛、全身乏力的症狀，隨著病情進一步加重還有可能導致高燒、咳黃痰等。可以遵醫囑透過靜脈點滴的方式給藥治療，使用的藥物包括頭孢曲松(Ceftriaxone)、青黴素G(Penicillin G)等。
肺膿腫
常為厭氧菌、需氧菌及混合感染致病菌入侵肺組織形成膿腔所致，常見症狀是持續性劇咳、痰量多、臭味重，還會伴隨畏寒、高燒、盜汗、食慾減退、體重減輕等表現。一經確診需及時採取有效的抗菌素治療，如克林達黴素(Clindamycin)、甲硝唑(Metronidazole)等。
支氣管擴張症
主要由免疫功能異常、下呼吸道定植菌感染等因素引起，病變發作時可出現大量黏稠痰液，伴有反覆咳血、呼吸困難、咳嗽等不適。需要在醫生指導下使用阿奇黴素(Azithromycin)、克拉黴素(Clarithromycin)等大環內酯類抗生素治療。
肺結核
是由結核分枝杆菌引起的肺部感染性疾病，典型症狀為午後低燒、潮熱、盜汗、消瘦等，同時還會伴隨咳嗽、咳痰、痰中帶血等不適。明確診斷後可在醫生指導下服用抗結核藥物治療，常用藥物有利福平(Rifampin)、吡嗪醯胺片等。
除以上相對常見原因外，還有其他的可能性疾病，比如腫瘤等。如果患者的病情比較嚴重，而且得不到控制，也可以到醫院呼吸內科就診，配合醫生做進一步檢查和治療。日常應注意避免吸菸、飲酒，以免加重對呼吸道黏膜的傷害。
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