非肺結核是指除肺結核以外的其他型別結核病，常見的臨床型別有骨與關節結核、淋巴結核、腎結核等。通常需要根據不同的疾病型別進行針對性處理。
骨與關節結核
骨與關節結核是由於結核桿菌由身體其它部位播散至骨骼和關節而引起的慢性感染性疾病，在臨床上常見於兒童患者。對於輕度的骨與關節結核可以採取藥物治療的方法，如遵醫囑使用利福平(Rifampin)、Isoniazid(INH)、吡嗪醯胺膠囊等抗結核藥物控制病情進展。如果症狀嚴重，則可能需透過手術方法將病變部位切除或進行矯形手術來改善症狀。
淋巴結核
淋巴結核是由結核桿菌經由淋巴管道進入淋巴結，並在其中繁殖生長所致的淋巴結肉芽腫性病變。早期可表現為淋巴結質地變硬並伴有輕微觸痛等症狀。若無明顯症狀者通常無需特殊治療，定期隨訪即可。但若出現區域性紅腫熱痛及破潰時則應給予相應治療，比如遵醫囑服用孟表多(Ethambutol)、吡嗪醯胺膠囊、立汎黴素(Rifampicin)等抗結核藥物進行治療。
腎結核
腎結核常繼發於肺結核，也可原發於腎臟。其主要傳播途徑為消化道或呼吸道，典型表現包括發燒、盜汗、體重減輕以及血尿、膿尿等。腎結核一般以藥物治療為主，常用抗結核藥物包括鏈黴素(Streptomycin)注射液、硫酸卡納黴素(Kanamycin)注射液、左氧氟沙星(Levofloxacin)等。必要時還需行內引流術、腎切除術等方式來進行綜合治療。
此外，還有部分患者會出現腸結核的情況，腸結核主要是因腸道受到結核分枝杆菌感染所引起的一種發炎反應。患病後會導致患者出現腹痛腹瀉、腹部脹氣或者大便不成形、便秘等情況發生。此時可在醫生指導下口服賽普沙辛(Ciprofloxacin)、等藥物進行抗炎殺菌治療。若效果不佳，則需及時進行外科手術治療。
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