感染腺病毒的兒童通常會出現發燒、咳嗽、咳痰等呼吸道症狀，以及腹瀉等症狀。對於出現上述症狀的兒童，在用藥方面需遵醫囑進行抗病毒治療，同時還需要對症使用藥物。
抗病毒治療
1.雷巴威林(Ribavirin)：如果兒童感染的是呼吸道融合病毒，可以服用雷巴威林(Ribavirin)顆粒或片劑，該藥物屬於廣譜抗病毒藥物，能抑制多種病毒的複製，如流感病毒、呼吸道融合病毒等。
2.阿昔洛韋(Aciclovir)：如果感染的是腸道病毒71型，則需要應用阿昔洛韋(Aciclovir)進行抗病毒治療，因為該病毒感染後可能會引起腦炎和心肌炎，此時病情比較嚴重，需要及時在醫生指導下給予相應的藥物治療。
3.克流感（Tamiflu）：若感染的是其他型別的腺病毒，可選擇口服克流感(Oseltamivir)進行抗病毒治療，能夠抑制甲型和B流病毒的神經氨酸酶，從而達到抑制病毒複製的效果。
4.干擾素(Interferons)：當兒童感染腺病毒時，還可以給其服用α-干擾素(Interferons)進行治療，比如聚乙二醇α-干擾素(Interferons)，具有一定的抗病毒作用，適合於單純皰疹病毒、腺病毒、柯薩奇B組病毒等多種病毒感染的治療。
中藥制劑
除西藥外，還可選用中藥方劑，如銀翹散、清熱解毒軟膠囊、雙黃連口服液、藍芩口服液等，這些中成藥都具有清熱解毒的功效，有助於緩解腺病毒的症狀。
對症治療
止咳化痰類藥物
部分腺病毒患兒還會伴有明顯的咳嗽、咳痰症狀，此時可在醫生指導下應用止咳化痰類藥物進行治療，如安嗽錠(Ambroxol)、小兒肺寧顆粒等。
調節胃腸道功能藥物
由於腺病毒會引起消化系統症狀，所以還可能會影響食慾，導致身體營養不良的情況發生。對此建議適當吃一些調理胃腸菌群的益生菌，如、地衣芽孢桿菌活菌膠囊等，以促進食物消化吸收，改善食慾不振的現象。
此外，如果兒童感染腺病毒的同時合併有細菌感染，還需加用抗生素類藥物，如希復欣敏(Cefixime)顆粒、阿莫西林（Amoxicillin）等。日常生活中家長要注意做好護理工作，注意保持室內空氣流通，並根據溫度變化適當增減衣物，以免加重不適症狀。
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