如果患者出現牙周病，並且伴隨有疼痛症狀時，需要進行相關檢查明確病因。通常情況下，可以先透過藥物進行保守治療，如抗生素類、止痛藥等，若效果不佳或病情加重，則需及時進行手術治療。
一、藥物治療
抗生素
當牙周病發展到比較嚴重的程度，引起區域性的感染，此時可以在醫生指導下使用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等藥物進行抗炎處理，控制發炎後可緩解疼痛的症狀。
止痛藥
部分牙周病患者在急性發作期會出現較為劇烈的疼痛感，此時可在醫生指導下服用布洛芬（Ibuprofen）、雙氯芬酸鈉(Diclofenac sodium)等非類固醇抗發炎藥消炎止痛劑進行對症處理，以達到快速止痛的目的。
二、手術治療
翻瓣術
對於骨吸收已經達到根面水平的情況，在清除表面菌斑和結石之後，可用生理食鹽水沖洗袋狀區，然後用探針探測牙槽骨缺損部位，確定植骨間隙大小，再將暴露的牙齦組織向遠中翻開，去除預劈開的部分牙齦軟組織，使根面充分暴露。若骨吸收破壞嚴重而難以徹底消除者，應行截骨術，即沿患牙長軸方向備洞，剔除病變骨質，形成容納植入物的空間。
潔治刮治
若患者的牙周病情況較輕，僅存在輕微的牙齦出血以及紅腫現象，但未發現明顯的深牙周囊袋，則應在醫生的操作下採用超聲波洗牙的方式進行處理，利用光熱原理產生的能量，將附著於牙齒表面的牙結石震碎成細小顆粒，隨著刷牙時唾液被衝出，從而起到清潔牙齒的效果。
其他方式
若牙周病已經影響到牙髓，則可能會造成患者出現牙齒疼痛的現象。此時則需遵醫囑進行根管治療，即將發炎、感染的牙髓徹底清理乾淨，然後再嚴密填實根管即可。
除此之外，若是由於蛀牙所引起的不適症狀，則還需配合醫生選擇氟化銨銀製劑、氟化亞錫製劑等抗菌材料進行充填治療。必要時也可直接拔除無保留價值的患牙，防止其持續進展。
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