如果腎結石的患者併發了尿毒症，通常需要進行藥物排石、手術碎石等一般治療。對於尿毒症合併腎結石的患者而言，病情比較嚴重，建議及時到醫院就診，在醫生指導下使用利尿劑、鈣通道阻滯劑、抗生素類藥物等藥物控制症狀，並積極進行腎臟替代治療。
一般治療
藥物排石
當腎結石直徑小於2cm時，可以先考慮用藥物輔助排出較小的結石，如遵醫囑應用雙氫克尿噻片、枸櫞酸氫鉀鈉顆粒等藥物促進結石排出，同時可配合口服碳酸氫鈉(Sodium bicarbonate)以鹼化尿液，或者加服α感受器阻滯劑，例如定脈平錠(Terazosin HCl)片，減輕輸尿管平滑肌痙攣，增加輸尿管蠕動，從而幫助結石排出。
手術碎石
若腎結石直徑大於2cm或存在鹿角狀結石，則需採用外科手段進行碎石處理，常用的有經皮腎鏡鈥雷射碎石術和輸尿管軟鏡鈥雷射碎石術，以及腹腔鏡取石術等方式取出較大結石。
其他方法
若患者的腎功能尚好，血清肌酐在150μmol/L以下，還可以透過經皮腎鏡置入擴張器將腎盂切開，然後將腎結石取出。
藥物治療
利尿劑
常用有呋塞米(Furosemide)、螺內酯(Spironolactone)等，服用後能夠抑制抗利尿激素分泌，使水分重新被吸收入血液而產生利尿作用，進而降低尿素氮與肌酐水平，緩解不適症狀。
鈣通道阻滯劑
比如硝苯地平(Nifedipine)、尼莫地平(Nimodipine)等，這類藥物能選擇性且高度地作用於血管平滑肌上的鈣離子通道，阻止細胞外鈣離子進入血管平滑肌細胞，起到擴張冠狀動脈的作用，從而改善心肌缺血的情況，幫助維持心臟正常工作。
抗生素類藥物
由於尿毒症本身容易繼發感染，因此還需要根據藥敏試驗的結果選用敏感抗生素進行針對性治療，如賜福力新(Cefalexin)、阿奇黴素(Azithromycin)等。
腎臟替代治療
常見的有血液透析、腹膜透析及腎臟移植，其中血液透析是利用半滲透膜兩側物質濃度不同，產生壓力差而進行物質交換的技術，腹膜透析是指利用病人的腹膜為天然半滲透膜，利用重力作用將透析液灌入病人的腹膜囊中，在腹膜內外存在梯度壓差的情況下，小分子量物質(包括大部分毒素)可透過腹膜達到血液循環中，清除體內代謝終末產物及改善電解質平衡紊亂和高磷酸鹽血症，從而代替腎臟的部分生理功能的一種血液清潔療法。腎臟移植則是把一個健康的供體腎臟透過手術植入受者的一側髂窩，發揮類似正常腎臟的功能，但術後仍有可能發生排斥反應。
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