對於引起龜頭痛的原因有很多，如性生活過於頻繁、外傷等生理性因素導致的。另外也可能是由於龜頭炎、尿道炎、前列腺炎、包皮繫帶過短等原因病理性因素引起的。因此在使用藥物前應明確病因，並遵醫囑用藥。
非感染性疾病
性生活過於頻繁
如果平時有手淫的習慣或性生活過於頻繁，可導致龜頭受到反覆刺激，從而出現疼痛症狀。建議減少同房次數，注意休息，一般會逐漸恢復，也可適當服用六神丸緩解區域性不適。
外傷
若龜頭痛是由於穿比較緊的內褲或者進行某些劇烈運動時被摩擦到所造成，則需要避免再次摩擦，同時可以塗抹紅黴素(Erythromycin)軟膏預防感染。
感染性疾病
龜頭炎
通常與不潔的性生活有關，在發炎因子的刺激下會導致龜頭部位充血水腫，甚至會出現潰破和糜爛的情況，也會伴隨明顯的瘙癢感和龜頭痛。可在醫生指導下應用抗菌類藥物治療，比如阿莫西林（Amoxicillin）、左氧氟沙星（Levofloxacin）等。
尿道炎
主要是由淋球菌或非淋球菌感染所引起的一種疾病，當發生尿道口感染以後，會引起黏膜腫脹以及糜爛，所以會有明顯刺痛感。確診後需應用抗生素類藥物治療，比如頭孢曲松(Ceftriaxone)、頭孢呋辛鈉(Cefuroxime sodium)等。
前列腺炎
可能與長期久坐、細菌感染等因素有關，會造成攝護腺組織充血，嚴重者還會伴有膿性分泌物增多，因此會產生明顯刺痛感。可遵醫囑應用賽普沙辛(Ciprofloxacin)、希樂葆(Celecoxib)等藥物改善。
包皮繫帶過短
男性存在先天性的包皮繫帶過短，就會在日常活動當中被撕裂，進而引發龜頭痛的症狀。如果是輕度的繫帶傷害，可以在受傷之後立即冷敷，以減輕出血和疼痛。重度繫帶傷害則需要及時就醫處理，必要時可行手術修復。
此外，還可能與陰莖癌相關，龜頭痛除上述原因以外，還有其他的可能性疾病，比如尖銳溼疣、生殖器皰疹等，因此患者一定要引起重視，不要盲目自行購買藥物進行使用。
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