男性龜頭炎可以使用外用藥膏或內服藥治療，如過錳酸鉀(KMnO4)溶液坐浴等。如果出現發炎感染，則需要遵醫囑口服抗生素類的藥物進行抗感染治療。
外用藥膏
1.普特皮軟膏(Tacrolimus)：男性患有龜頭炎時可導致區域性皮膚組織受損，在發炎因子刺激下會出現瘙癢、刺痛感等症狀，此時可在醫生指導下塗抹普特皮軟膏(Tacrolimus)來緩解症狀，該藥物屬於免疫抑制劑，具有一定的抗炎作用，能夠促進傷害修復而達到止癢目的。
2.樂得美乳膏(Imiquimod)：男性存在尖銳溼疣等疾病也可引起龜頭部位出現菜花狀贅生物，還可能伴有輕度糜爛以及破潰表現。此時可以在醫生指導下使用樂得美乳膏(Imiquimod)來進行治療，該藥物的主要成分為樂得美乳膏(Imiquimod)，是一種重組DNA病毒的小分子多肽，透過誘導細胞分化和調節免疫反應發揮抗腫瘤效應。
3.阿昔洛韋(Aciclovir)：若由單純皰疹病毒感染引起的龜頭炎，可表現為區域性形成水泡，並有灼熱與瘙癢的感覺，此時可遵醫囑應用阿昔洛韋(Aciclovir)進行治療，該藥物主要成分是阿昔洛韋(Aciclovir)，其為鳥苷類似物，能選擇性地干擾單純性皰疹病毒的複製，起到消炎、抗菌的作用。
其他
如果是真菌感染引起的龜頭炎，還可遵醫囑外用酮康唑(Ketoconazole)、允消無黴乳膏(Miconazole Cream)等藥物進行治療；若是滴蟲感染則需在醫生指導下使用複合甲硝唑(Metronidazole)陰道泡騰片等藥物進行治療。
服用藥物
抗生素類藥物
男性龜頭炎可能是受到細菌感染所引起，因此應遵醫囑使用抗生素類藥物進行抗感染治療，比如紅黴素(Erythromycin)、左氧氟沙星（Levofloxacin）膠囊、頭孢呋辛酯顆粒(Cefuroxime)等，這些都屬於廣譜抗菌藥物，對於大多數細菌都有較好的抑菌效果。
抗真菌類藥物
如果是真菌感染引起的龜頭炎，可在醫生指導下服用伊曲康唑(Itraconazole)、特比奈芬(Terbinafine)等藥物進行治療，這些藥物都具有一定抗真菌作用，能夠有效殺滅體內的真菌。
抗病毒類藥物
如果是由於病毒感染引起的龜頭炎，建議患者遵醫囑服用阿昔洛韋(Acyclovir)、雷巴威林(Ribavirin)顆粒等藥物進行抗病毒治療。
其他方法
男性龜頭炎還可以採用中藥燻洗的方法進行治療，常用藥物包括硼砂、黃柏、蛇床子等，但需要專業中醫師操作。此外，日常生活中應注意個人衛生，勤換內衣褲，避免不潔性生活。
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