臨床引起龜頭痛的原因較多，可能是性生活過於劇烈等生理性原因導致，也有可能是外傷、包皮繫帶較短、龜頭炎、尿道口感染、過敏反應以及攝護腺發炎等病理性原因造成。如果患者出現龜頭痛的症狀持續不緩解的情況，建議及時去醫院男科或泌尿外科就診。
生理性原因
如果男性在進行性生活時時間過長或者姿勢不當，則可能會使陰莖受到擠壓，從而產生疼痛感，一般休息後即可逐漸恢復。
病理性原因
外傷
如果患者的龜頭被異物劃傷，或者是在運動時不慎摔傷，則可能就會傷害龜頭部位的皮膚組織，進而可引發區域性腫脹和明顯疼痛症狀。
包皮繫帶較短
由於遺傳因素等原因，部分男性存在包皮繫帶短的現象，在陰莖勃起後會出現繫帶牽扯撕裂，而導致龜頭痛，並且還可能出現龜頭不能上翻等情況。
龜頭炎
主要是由細菌、念珠菌等病原體感染所引起，會導致龜頭黏膜水腫、糜爛、紅斑等，也可因發炎刺激而產生刺痛等症狀。
尿道口感染
如果發生淋球菌性尿道炎或者是非淋球菌性尿道炎等疾病，均可以破壞尿道黏膜屏障，導致致病菌從尿道口進入到生殖系統中，此時致病菌大量繁殖會產生毒素，也會對龜頭產生刺激作用，導致龜頭痛，甚至還會伴有排尿困難、尿頻、尿急等症狀。
過敏反應
如果本身屬於易過敏體質，當龜頭接觸到某種致敏物質之後，就容易誘發此處過敏性反應，如瘙癢、發紅、丘疹等，嚴重者還可出現水泡、潰破、流膿等現象，也可有明顯的刺痛感。
攝護腺發炎
通常與久坐、長時間憋尿等因素有關，患病以後致病菌會快速複製滋生，也會產生很多代謝產物，對神經末梢產生刺激，而引起龜頭痛，同時還會伴隨乏力、寒顫、發燒、會陰部不適等症狀。
此外，若患有尖銳溼疣、梅毒等傳染性疾病，也可以透過性接觸傳播至生殖器部位，會對區域性皮膚造成損害，也會出現上述異常表現。平日裡要保持良好的生活習慣，注意個人衛生，勤換內褲，避免穿過緊的衣物，以免加重自身不適感。
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