尿毒症患者進行血液透析時，在不同的階段、不同時期的用藥有所區別。通常情況下，早期沒有特殊藥物治療禁忌；進入維持性血液透析後，可能會出現抗凝藥等藥物治療的適應症。
前期
如果為急性腎傷害導致的尿毒症，或慢性腎臟病5-6期進展至尿毒症狀（uremic syndrome），一般無特殊的用藥禁忌。此時需根據患者的原發病因及臨床表現選擇相應的藥物，如利尿劑呋塞米(Furosemide)可引起電解質紊亂，故需要在使用前和治療過程中監測血鉀濃度，必要時補充生理食鹽水溶液改善低血鉀的情況。
後期
抗生素類藥物
由於長期進行血液透析會導致身體抵抗力下降，若未注意防護易發生感染，因此應避免應用氨基糖苷類、喹諾酮類抗菌作用較弱的抗生素，建議選用頭孢菌素(Cephalosporins)類、哌拉西林他唑巴坦( Tazobactam)等廣譜抗生素。
抗高血壓藥物
常用的降壓藥物包括鈣離子拮抗劑硝苯地平(Nifedipine)、血管張力素轉化酵素抑制劑（ACEI）卡托普利(Captopril)等，以及β感受器阻滯劑酒石酸鹽美托洛爾(Metoprolol Tartrate)等，應在醫生指導下合理使用，以控制好血壓水平。
抗凝藥物
主要適用於長期臥床、行動不便且伴有高凝狀態的患者，常見的藥物有拜瑞妥(Rivaroxaban)、可化凝錠(Warfarin sodium)等，但應注意觀察有無出血傾向。
其他
對於糖尿病腎病合併尿毒症者，常用降糖藥物包括胰島素製劑、二甲雙胍(Metformin)等，可在專業醫師指導下酌情調整劑量。另外，還可遵醫囑服用碳酸氫鈉(Sodium bicarbonate)來鹼化尿液，預防高磷血症的發生。
尿毒症患者平時要注意休息，定期複查，並嚴格遵循醫囑正確使用藥物，不可盲目自行加減量或者停用藥物，以免影響病情恢復。
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