尿毒症患者進行血液透析治療時所用的藥物主要包括針對原發病的藥物、改善電解質紊亂的藥物、抗貧血藥、免疫抑制劑以及控制血壓和血糖的藥物等。建議在醫生指導下合理使用上述藥物，避免自行盲目用藥。
針對原發病的藥物
針對腎性尿毒症
如果是慢性腎臟病發展到終末期而引起的尿毒症，則需要長期口服促紅素改善貧血，並且要限制蛋白質的攝入量，同時還要加用碳酸氫鈉(Sodium bicarbonate)來改善酸中毒。另外，還需要應用依那普利、福辛普利等血管張力素轉化酵素抑制劑（ACEI），或者纈沙坦(Valsartan)、厄貝沙坦(Irbesartan)等血管緊張素Ⅱ感受器拮抗劑，透過擴張腎小球出球動脈和平滑肌細胞使腎小球囊腔內壓下降，從而降低蛋白尿，改善腎功能。
2.針對糖尿病腎病、高血壓腎病等非尿毒症疾病：如果患有糖尿病腎病或高血壓腎病等導致的尿毒症，在進行血液透析的同時還需遵醫囑服用降糖藥物，如二甲雙胍、醣祿(Acarbose)等，若效果不佳則需注射胰島素。若伴有高血壓症狀，則應服用氨氯地平（Amlodipine）、硝苯地平(Nifedipine)等鈣離子通道阻滯劑類降壓藥，必要時可靜脈注射呋塞米(Furosemide)緩解水腫情況。
改善電解質紊亂的藥物
由於尿毒症患者的代謝產物堆積會導致高鉀血症、低鈣血症、低鎂血症、低磷血症等情況發生，因此還需根據病情補充相應的電解質，以維持體內平衡。
抗貧血藥
由於尿毒症患者存在明顯的貧血現象，故還需配合醫生採用琥珀酸亞鐵(Ferrous Succinate)、葉綠素銅鈉膠囊等補血藥物進行治療。
免疫抑制劑
對於因惡性腫瘤、系統性紅斑狼瘡等原因引發的尿毒症患者來說，還需搭配環孢素(Cyclosporine)、他克莫司(Tacrolimus)等免疫抑制劑類藥物進行治療。
控制血壓和血糖的藥物
為防止出現心腦血管併發症的情況，尿毒症患者還需服用硝苯地平(Nifedipine)、坎地沙坦(Candesartan)分散片等降壓藥物控制血壓水平。若還存在血糖升高的問題，則需口服二甲雙胍(Metformin)、泌得贊錠(Glipizide)等降糖藥物予以控制。
其他
部分尿毒症患者還可採取腹膜透析的方式輔助治療，即由醫護人員將導管經皮放置於腹腔後方，再利用腹膜兩側的微血管進行物質交換，進而達到清除毒素的目的。
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