新生兒出現黃疸時，可以在醫生指導下使用口服藥物進行治療。如果經過積極的藍光照射和藥物治療後，黃疸未消退或繼續上升，達到換血療法的標準，則需要進行換血療法。
目前臨床中用於治療新生兒黃疸的口服藥物主要包括茵梔黃口服液、金棘顆粒等，中藥方面有清肝利膽口服液、大補脾丸等。此外，對於母乳性黃疸導致的新生兒黃疸，可以暫停餵養母親的奶水，並在醫生指導下應用配方奶粉代替，可促進黃疸消退。
西藥
茵梔黃口服液
主要成分為茵陳提取物、黃芩苷、梔子提取物等，具有清熱解毒、利溼退黃的功效，適用於急性肝炎、慢性肝炎急性發作以及小兒痙攣、高燒、黃疸等病症。
金棘顆粒
由金銀花、穿心蓮、板藍根、木蝴蝶、紅背梅花根等成分組成，具有抗病毒及抗菌作用，同時還能夠提高身體免疫功能，主要用於上呼吸道感染、支氣管炎、消化不良、腹瀉等疾病的輔助治療，也可用於溶血型黃疸的治療。
中成藥
清肝利膽口服液
主要成分為金銀花、虎杖、龍膽、蒲公英、山銀花等藥材組合而成，具有清熱、祛溼、利膽的功效，可用於改善肝膽溼熱所引起的身目發黃、右脅脹痛等症狀。
大補脾丸
主要成分為黨參、白朮(炒)、茯苓、甘草(蜜炙)、陳皮、砂仁、肉桂等藥材組合而成，具有健脾益氣、和胃止瀉的功效，常用於治療脾胃虛弱所致的飲食不化、脘悶嘈雜、噁心嘔吐、腹痛便溏、體弱乏力等病證。
其他
如雙歧杆菌三聯活菌膠囊、等微生態製劑，可調節腸道菌群紊亂狀態，從而緩解黃疸；葡萄糖酸鋅口服溶液能參與體內多種酶的構成與啟用，起到加強免疫力的作用，對肝臟有一定保護作用，有助於黃疸消退。
輸注藥物
常用藥物包括人血白蛋白、新鮮冰凍血漿、丙種球蛋白等，透過靜脈注射的方式幫助降低血液中的膽紅素水平，進而減輕黃疸的症狀。
光照療法
是利用特殊波長的光線使皮膚吸收，再轉化為能量促使膽紅素隨尿液排出的方法，適合於足月兒黃疸指數為257μmol/L以上，早產兒黃疸指數為204μmol/L以上的患兒。
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