引起新生兒黃疸的原因較多，可分為生理性原因和病理性原因。常見的病理性原因包括感染、甲狀腺功能低下、膽道閉鎖、遺傳代謝性疾病等。
生理性原因
主要是由於母嬰血型不合引起的新生兒溶血病導致的黃疸，如ABO或RH血型不合而造成大量紅血球被破壞，出現非溶血性黃疸。另外母乳中的蛋白質含量過多或者母親與嬰兒餵養不當，導致腸蠕動減少，糞便在腸道內堆積時間延長，影響了糞便中膽紅素的排出，則可能會使尚未結合的膽紅素反流入到血液中而導致黃疸。
病理性原因
感染
常見於敗血症、化膿性腦膜炎以及病毒性肝炎等疾病，可因致病菌侵襲肝臟，抑制白蛋白合成，間接影響膽紅素的代謝，從而誘發黃疸的情況發生。
甲狀腺功能低下
甲狀腺功能低下的新生兒可表現為體溫低、心率慢、食慾差等情況，並且體內白蛋白增加，對膽紅素的攝取、結合和排洩能力降低，進而出現高疸的現象。
膽道閉鎖
先天性膽道閉鎖是一種以肝內外膽管擴張為病理改變的肝門部良惡性阻塞病變，常伴肝硬化和門靜脈高壓的表現，臨床上主要表現為進行性加重的黃疸、肝脾腫大及膽汁淤積徵象，還可伴有反覆發作的上消化道出血、營養不良、貧血、水腫和脂肪浸潤等症狀。
遺傳代謝性疾病
如先天性代謝缺陷病，是一組由身體代謝酶缺陷所致的遺傳病，臨床表現複雜多樣，多數有特殊的面容、體態，出生後不久就會出現嚴重的系統損害，部分可累及多個系統，此時也可出現黃疸的症狀。
除上述情況外，還可能是母乳性黃疸、藥物性因素等原因導致。如果新生兒屬於早產兒或者是患有先天性心臟病、肺透明膜病等基礎疾病，也容易誘發黃疸的發生。因此當發現新生兒出現黃疸時，應及時就診明確病因並給予針對性治療。如果是生理性黃疸通常可以自行消退，若是病理性原因所導致的黃疸需及時遵醫囑進行藍光照射等治療。
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