引起新生兒黃疸高的原因較多，可分為生理性因素和病理性因素。如果是母乳餵養的新生兒出現黃疸，則可能是由於母親進食了會導致新生兒過敏的食物導致。
生理性因素
膽紅素生成過多
新生兒肝臟功能發育不完善，體內葡萄糖醛酸轉移酶不足，使體內未結合膽紅素產生增多；另外早產兒肝細胞處理能力差，可導致大量非結合膽紅素沉積於皮膚黏膜而發生黃疸。
腸-肝循環障礙
新生兒出生後腸道菌群建立需要一定時間，在此期間內攝入乳糖較少或無乳糖，以及乳糖酶缺乏等均可造成腸蠕動增加，腸蠕動增加又可以促進胎便排出，減少腸腔內的膽紅素再吸收入血，從而減輕核黃疸的發生。如果胎便延遲或者無胎便，均會影響腸-肝循環，而導致黃疸升高。
膽紅素代謝障礙
新生兒溶血病時大量的紅血球被破壞，釋放出大量的間接膽紅素超過了肝臟的攝取和轉化利用的能力，就會沉積在皮膚粘膜上形成黃疸。這時要積極治療原發病，同時進行光療，以降低黃疸指數。
免疫系統缺陷
如先天性甲狀腺功能低下症，因甲狀腺素合成及分泌受阻或減少，身體處於低代謝狀態，影響白蛋白合成，間接膽紅素不能轉化為直接膽紅素，從腎臟排洩，而在體內堆積而導致黃疸。
藥物因素
新生兒應用抗癲癇類藥物苯巴比妥，其代謝產物可透過血液循環進入腦組織，與含鐵的神經傳導物質結合成螯合物，抑制大腦皮層運動中樞及其他部位的痙攣反應，從而使新生兒動作變得呆滯，表現為嗜睡、拒奶等情況。若長期服用該藥可能會加重黃疸的程度，因此建議服藥前應諮詢醫生，並根據體重調整劑量。
病理性因素
敗血症
各種創傷、感染、手術等原因造成的細菌入血，可引發敗血症，此時細菌產生的內源性毒素會損害寶寶的肝、脾等器官的功能，繼而影響到膽紅素的代謝，進而誘發黃疸。
其他疾病
如出血性疾病、遺傳性疾病、重症肺炎、高鐵血紅素尿症、急性間歇性卟啉病等也可導致上述情況。
除以上常見的原因外，還可能為母乳性黃疸等所致，故針對病因及時採取干預措施至關重要。對於生理性的黃疸一般不需要特殊治療，繼續觀察即可，而對於病理性的黃疸則需儘早明確診斷並給予對因、對症治療，以免耽誤病情。
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