新生兒黃疸若為生理性黃疸或輕度病理性黃疸，一般預後良好，不會遺留後遺症。但若是重度黃疸，可能會出現膽紅素腦病、核黃疸等嚴重併發症，對神經系統造成損害，則可能留有肢體運動障礙、智力低下等後遺症。
常見危害
膽紅素腦病
由於血清未結合膽紅素超過有效治療濃度，導致中樞神經系統的不可逆性病變和功能障礙。
核黃疸
是新生兒期嚴重的急重症之一，由大量遊離膽紅素透過血-腦屏障，引起腦細胞受損，從而產生一系列病理改變及臨床表現。
後遺症
肢體運動障礙
如果存在膽紅素腦病的情況，可導致肌張力異常增高，表現為全身發抖或者抽搐等症狀，進而影響到正常活動，伴有行動不便等情況。
智力低下
當膽紅素進入基底節區時，會對大腦皮層造成不可逆傷害，而語言區域位於額葉、顳葉以及頂葉部位，因此會影響言語能力，導致說話不清甚至失語，還可能出現計算困難、反應遲鈍等情況。
其他情況
部分新生兒會出現聽力下降、成長發育遲緩等問題，還有少數會合併癲癇發作、眼球運動障礙、行為異常等後遺症。
治療方法
藍光照射
是目前治療新生兒黃疸的主要方法，可以減少體內膽紅素含量，並促進非結合膽紅素轉化為結合膽紅素，經尿液排出體外。
換血療法
對於病情較重者，如出現高膽紅素血症、呼吸窘迫症候群、肝內膽汁淤積症等，可透過換血療法改善症狀。
藥物治療
對於早期足月新生兒，可以在醫生指導下使用人白蛋白進行治療，而對於已經出現膽紅素腦病的患兒，需要遵醫囑應用穀胱甘肽（Glutathione）等藥物保護腦組織。
手術治療
針對核黃疸的患兒，可在6個月齡前儘早行康復訓練，也可透過亞低溫治療減輕腦水腫，降低顱內壓並改善腦能量代謝，還可採取高壓氧治療的方法輔助恢復。
日常生活中家長應注意加強對新生兒的看護，注意保暖，避免受涼，同時保持室內空氣流通，保證充足的睡眠時間。另外還需要加強餵養，以補充足夠的營養物質，促使疾病儘快好轉。
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