使用藥物治療新生兒黃疸時需要根據引起黃疸的原因進行選擇。新生兒黃疸分為生理性黃疸和病理性黃疸，如果是母乳性黃疸、單純生理性黃疸導致的新生兒黃疸，則可以遵醫囑服用茵梔黃口服液等藥物進行治療；如果是由敗血症、膽道閉鎖等原因引起的病理性黃疸，則需在醫生指導下應用抗生素或手術等方式進行處理。
生理性黃疸
茵梔黃口服液
主要成分為茵陳提取物、梔子提取物、黃芩提取物，具有清熱解毒、利溼退黃的功效，可用於改善肝膽溼熱所致的黃疸，如溶血型黃疸等。
益生菌類藥物
由於腸道菌群失調造成腸蠕動減慢，大便堆積可引發胎便排洩延遲，也可導致新生兒出現黃疸的情況發生。此時家長可以在專業醫生指導下給新生兒吃雙歧杆菌三聯活菌散、等藥物進行緩解。
藍光照射
若新生兒黃疸為間接膽紅素升高為主，並且出現了嚴重的高間接膽紅素血症，則可能會誘發核黃疸的發生。因此，建議及時配合醫生透過藍光照射的方式進行治療，能夠有效促進體內多餘的膽紅素轉化為尿膽原及糞膽原排出體外。
白蛋白
部分早產兒可能存在肝功能不完善的情況，而大量的膽紅素無法轉化就會沉積於皮膚黏膜組織內，從而會引起黃疸的症狀發生。此時則可在醫生指導下使用免疫球蛋白G（IgG）等藥物進行治療，有助於降低體內膽紅素水平。
苯巴比妥
對於因母嬰血型不合造成的新生兒溶血病所引起的黃疸情況，可遵醫囑使用氫化普賴鬆(Prednisone)、地塞松(Dexamethasone)等類固醇進行治療，同時聯合使用苯巴比妥片等抗膽鹼能藥物進行治療。
其他
若是感染因素導致的黃疸，還可遵醫囑使用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等抗生素類藥物進行消炎治療，若為阻塞原因導致的黃疸，還需採取手術方式進行疏通。
病理性黃疸
抗生素類藥物
當新生兒受到細菌侵襲後，會導致身體產生發炎反應，也會引起黃疸症狀發生。此時可在醫生指導下使用青黴素G(Penicillin G)、頭孢曲松(Ceftriaxone)等抗生素類藥物進行消炎抗菌治療。
手術治療
若新生兒存在先天性膽囊閉鎖或者是膽總管擴張等情況時，也有可能會因為膽汁淤積而導致黃疸現象發生。對此應積極配合醫生透過手術的方式進行根治，比如膽囊切除術、肝門空腸吻合術等。
除此之外，若是因膽結石等因素引起膽汁淤積性黃疸時，還應及時前往醫院配合醫生透過取石術等方式進行治療。日常生活中還要注意做好保暖措施，避免著涼，同時還應注意保持區域性清潔衛生。
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