治療新生兒黃疸的藥物需要根據病因進行選擇，對於生理性黃疸無需特殊處理，可自行消退。而病理性黃疸則需在醫生指導下服用藥物或進行光照療法等。
生理性黃疸
主要是由於膽紅素生成過多或者肝臟代謝能力較弱導致，一般情況良好且無其他不適症狀，不需特殊治療，會隨著時間推移逐漸恢復正常，家長不必過於擔心，也不必吃藥治療。
病理性黃疸
阻塞性黃疸
常見於先天性肝內膽管畸形和先天性膽總管囊腫，可遵醫囑口服茵梔黃顆粒、熊去氧膽酸(Ursodeoxycholic acid)等藥物促進排洩，緩解黃疸的情況。如果效果不佳，則建議及時進行手術治療，如肝門空腸吻合術、膽總管囊腫外引流術等。
溶血性黃疸
可能是母嬰血型不合引起，輕度黃疸可以給予光療或藍光照射，並遵醫囑應用人血白蛋白注射液、乳果糖(Lactulose)等利尿並降低血清遊離膽紅素水平。若出現貧血等情況，則應儘快輸注丙種球蛋白，必要時還需進行換血治療。
3.肝細胞損害及膽汁淤積性黃疸：如果是感染引起的，可以在醫生指導下使用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等抗炎藥物治療；若是母乳餵養引起的，應及時停止哺乳，改用奶粉餵養，並注意保持奶瓶清潔衛生，避免加重病情。
遺傳性疾病
比如甲狀腺功能低下症所致的黃疸，可在醫生指導下補充左旋甲狀腺素(Levothyroxine)等藥物進行治療。另外還可配合進行日光浴，適當增加戶外活動時間，有助於黃疸消退。
其它疾病
如敗血症、膽道閉鎖等也可引發黃疸，需針對原發因素進行針對性治療。以膽道閉鎖為例，確診後早期可行PTCD穿刺引流，待黃疸明顯減輕後再行手術治療，常用的手術方式為葛氏手術和葛氏三步曲手術。
日常生活中應注意加強對新生兒的看護，保證其有充足的睡眠，飲食方面也儘量以清淡易消化的食物為主，以免加重胃腸道負擔。
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