臨床中並沒有專門用於治療新生兒黃疸的藥物。對於生理性黃疸引起的新生兒黃疸，一般不需特殊處理；病理性黃疸則需要根據不同的原因給予相應的藥物進行治療。
生理性黃疸
主要是由於胎兒在母體期間需要大量的紅血球來攝取氧氣，而出生後，多餘的紅血球會分解產生膽紅素，超過肝臟的代謝能力就會導致新生兒出現生理性黃疸的情況。這種情況通常不需要特殊的治療，可以透過增加日光浴和適當的按摩促進膽紅素排出，並且可以給寶寶餵食足夠的奶量，以促進腸道蠕動，加速排便和排氣，從而加快體內膽紅素的排除速度。
病理性黃疸
阻塞性黃疸
如果寶寶有先天性腸旋轉不良或先天性幽門狹窄等疾病，則可能導致膽汁淤積，引起阻塞性黃疸。這種情況下，可以在醫生指導下使用注射用穀胱甘肽（Glutathione）保護肝臟免受損害，同時還可以服用熊去氧熊膽酸(Ursodeoxycholic Acid)來溶解膽結石，幫助恢復肝功能。
溶血性黃疸
如果是溶血性黃疸引起的新生兒黃疸，可在醫生指導下應用免疫球蛋白G（IgG）進行治療，可有效改善溶血情況，必要時還需及時終止妊娠。
肝炎所致黃疸
如果是因病毒性肝炎造成的黃疸，應在醫生指導下採用抗病毒藥物進行治療，如恩替卡韋(Entecavir)、拉米夫定(Lamivudine)等。
敗血症所致黃疸
若是細菌感染所造成的新生兒黃疸，應遵醫囑選用抗生素類藥物進行消炎殺菌處理，比如希復欣敏(Cefixime)顆粒、阿莫西林（Amoxicillin）等。
膽道閉鎖所致黃疸
若是由膽管發育異常而導致膽道完全閉鎖引發的黃疸，應及時採取手術方式解除阻塞，術後還需要配合使用白蛋白製劑以及生長因子等營養物質，促進受損組織修復，防止出現纖維化增生等情況。
遺傳性疾病所致黃疸
針對一些遺傳性的黃疸，目前臨床上還沒有特別有效的治療方法，只能透過藍光照射的方法來進行退黃，嚴重者可能還需要進行換血療法。
此外，在日常生活中家長也要注意做好新生兒的護理工作，保持室內空氣流通，避免新生兒著涼，還要適當給新生兒補充水分，幫助身體儘快康復。
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