導致患者出現尿液顏色發黑的原因較多，可能是非疾病因素引起，如攝入某些食物或藥物、運動等。還可能與疾病因素有關，如泌尿系統感染、泌尿系統結石、腎炎、腎病症候群等。
一、非疾病因素
飲食因素
如果食用過帶黑色素的食物，如黑桑葚等，或者服用含有色素類藥物，如癲能停(Phenytoin)等，經過身體代謝後就會排出黑色的小便，此時屬於正常現象，不需要特殊處理，一般小便顏色會逐漸恢復正常。
運動
部分運動員在劇烈運動之後也會出現短暫性的尿液呈深黑色的情況，主要是因為在劇烈運動時身體血液循環加快，腎臟為了把大量血液送至全身而減少保留水分，從而導致尿量增加，使得尿液偏暗一些。這種情況通常休息一段時間後可自行恢復。
二、疾病因素
泌尿系統感染
比如急性膀胱炎，在發炎刺激下會導致患者的尿路黏膜處於充血和水腫狀態，容易使尿道內的細胞組織壞死脫落，形成膿性分泌物混合在尿液當中，導致尿液變黑的現象。如果是細菌感染引起的，可以遵醫囑使用抗生素治療，例如頭孢地尼(Cefdinir)；若是淋球菌感染造成的，需要應用鉀鹽青黴素V(Penicillin V potassium)顆粒進行治療。
泌尿系統結石
比如輸尿管結石，結石會對區域性造成摩擦和傷害，隨著病情加重會引起出血症狀，而且還會誘發發炎反應，因此會出現小便發黑的症狀。可以在醫生指導下給予排石顆粒或者是體外碎石機進行治療。
腎炎
多數是由於免疫功能紊亂以及遺傳因素所造成，存在腎炎的患者可能會因為微血管破裂而導致紅血球進入尿液中，表現為肉眼無血尿，但顯微鏡檢查有紅血球，進而導致尿液顏色發黑。患者應先明確病因再進行對症治療，若為慢性腎炎，日常生活中應注意避免勞累、受涼，並定期複查，若有不適及時就診。
腎病症候群
一般是由於多種原因引起蛋白尿、高度水腫、高脂血症和低蛋白血症等症狀的一種疾病，存在腎病症候群的患者因蛋白質過度消耗及營養不良，致使體內白蛋白降低，造成膠體滲透壓下降，水分從血管內滲入組織間隙，引起顏面部水腫，甚至全身水腫，且長時間臥床不起，皮膚不能經常清潔，可能出現尿液濃縮，呈現褐色或墨綠色。建議患者注意個人衛生，勤洗澡，保持皮膚清潔。
此外，還有可能是經期所致，女性來月經的時候，經血氧化就有可能會使尿液變成黑色，此情況無需過多擔心，做好私密處清潔即可。
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