對於血尿的治療主要是根據病因進行對因用藥，多數患者無需藥物治療。如果是泌尿系統以外的原因引起的血尿，則需要針對原發疾病選擇合適的藥物進行治療，如抗感染、降壓等；如果是由泌尿系統引起時，可以使用抗生素類、非甾體消炎止痛藥、鈣離子通道阻斷劑以及中成藥等。
泌尿系統以外的原因
抗過敏
若患者存在過敏性紫斑導致的血尿，此時應遵醫囑服用勝克敏（Cetirizine）片、氯雷他定(Loratadine)等抗組織胺藥物進行治療。
解痙止痛
若是由於輸尿管結石或急性腎盂腎炎等原因造成的血尿症狀，可遵醫囑應用硫酸阿托平(Atropine)片、山莨菪鹼(Racanisodamine)等藥物緩解平滑肌痙攣情況。
退燒鎮痛
當出現發燒伴有血尿的情況時，可在醫生指導下口服布洛芬（Ibuprofen）、希樂葆(Celecoxib)等藥物進行治療。
其他
若是患有流行性出血熱引起的血尿，需在醫生指導下服用複合氨林巴比妥注射液、安宮牛黃丸等藥物進行治療。
泌尿系統原因
抗生素類
若由細菌感染引起，可遵醫囑應用鉀鹽青黴素V(Penicillin V potassium)、希復欣敏(Cefixime)分散片等廣譜抗菌藥物進行抗感染治療。
非甾體消炎止痛藥
若為炎症性疾病所致，同時伴有明顯疼痛感時，還可聯合應用上述藥物進行對症處理。
鈣離子通道阻斷劑
如特異性攝護腺抗雄激素藥物柔沛(Finasteride)，能夠縮小攝護腺體積而改善排尿不適的症狀。另外，α感受器阻滯劑如甲磺酸多薩坐辛(Doxazosin Mesylate)也可擴張後尿道而使臨床症狀得到顯著改善。
中成藥
除上述外，還可以在醫生指導下應用八正合劑、癃清片等具有清熱通淋作用的中成藥輔助治療。
此外，若效果不佳且病情較為嚴重者，還需及時採取手術措施進行治療。日常生活中要注意區域性衛生乾淨，勤換洗內褲，並經過暴曬消毒。
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