扁桃腺手術的常見副作用為出血、感染等，如果術後護理得當，一般不會出現嚴重副作用。但如果患者在術後沒有注意區域性衛生或身體抵抗力差，則可能會導致併發症的發生。
一、常見的副作用
出血
由於扁桃腺周圍存在較多血管，在進行扁桃腺手術時會將部分組織以及血管清除，所以容易發生術中出血的情況。另外，在扁桃腺切除後也有可能會出現殘餘傷口滲血或者咽部出血等症狀，因此需要觀察有無上述異常情況，並及時處理。
感染
若扁桃腺手術後過早進食、飲酒，或者未做好口腔清潔工作而引發細菌感染，可引起扁桃腺炎症反應，表現為咽喉疼痛、吞咽困難、發燒等不適症狀，需遵醫囑使用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)等藥物治療。
其他副作用
如扁桃腺瘢痕形成、淋巴組織增生等，通常屬於正常現象，無需過於擔心。
二、可能出現的併發症
扁桃腺軟化及狹窄
扁桃腺手術後，食物易滯留在喉嚨深處，從而造成分泌物與黏液混合並產生刺激，導致患者出現咳嗽、異物感等情況。此時可在醫生指導下透過手法復位、頜下切開等方式緩解。
扁桃腺失聲
若扁桃腺手術過程中傷害到雙側顎舌肌，可能會影響發音，但此情況發生的機率較低。
涎瘻
若扁桃腺手術操作不當，不慎刺傷咽旁間隙的咽神經叢，可能導致其引流區域產生液體外溢的現象，即唾液從鼻腔流出，建議遵醫囑採取相應措施進行修補。
壞死性潰瘍性齦口炎
該疾病主要由鏈球菌類致病菌引起，常因扁桃腺手術前應用腎上腺素導致身體迴圈障礙所致，表現為高燒、劇烈頭痛、扁桃腺腫大伴膿栓脫落等，甚至還會累及多個部位，如心內膜炎、腦膜炎等。對此應遵醫囑選擇青黴素G(Penicillin G)、氨苄西林膠囊等抗生素藥物治療。
此外，扁桃腺手術還可能會對身體造成一定影響，如阻塞性肺炎、呼吸系統紊亂、失語症等，故對於扁桃腺病變者應及時就醫明確診斷，並積極配合醫生進行針對性治療。
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