慢性扁桃腺炎的治療目標是控制感染、改善症狀及體徵。對於反覆發作或併發其他疾病者，需要考慮手術切除扁桃腺。如果出現急性發炎時，則需使用抗生素進行抗感染治療。
一、區域性治療
漱口
可用複合硼砂溶液含漱，以起到清潔口腔的作用。
含片和噴霧劑
常用藥物有金嗓子喉寶等，可以緩解咽喉部疼痛的症狀。
滴鼻劑
如Ephedrine/Nitrofurazone鼻滴液等，可減輕咽痛以及打呼等症狀。
貼片
常用藥物為扁桃腺貼，將藥片貼於喉嚨部位，達到消腫止痛的目的。
二、口服藥物
抗生素類
細菌感染者通常選用抗菌素進行治療，首選盤尼西林類抗生素，如阿莫西林（Amoxicillin）、阿奇黴素(Azithromycin)等；若患者對上述兩種藥物過敏，也可選擇希復欣敏(Cefixime)顆粒、頭孢地尼(Cefdinir)等頭孢類抗生素。如果是支原體感染引起的慢性扁桃腺炎，可以選擇大環內酯類抗生素，比如紅黴素(Erythromycin)、克拉黴素(Clarithromycin)等。
非類固醇抗發炎藥解熱止痛劑
主要作用成分為乙醯胺酚（Acetaminophen）、布洛芬（Ibuprofen）等，適用於緩解輕至中度的全身性疼痛，如頭痛、關節痛、偏頭痛等。但需要注意的是，患有胃腸道疾病的患者應慎用此類藥物。
抗組織胺類藥
具有抗過敏的作用，可用於治療變異性氣喘、蕁麻疹等疾病，常見藥物包括氯菲安明（Chlorpheniramine）、鹽酸異丙嗪(Promethazine)等。
清熱解毒藥
常用的中藥制劑有牛黃解毒丸、銀翹解毒片等，具有清除體內熱邪的功效，常用於輔助治療因外感風熱所致的慢性扁桃腺炎。
三、其他
部分存在長期低燒的慢性扁桃腺炎人群，還可遵醫囑服用小柴胡顆粒等中成藥進行治療。此外，也可在醫生指導下配合針灸療法、超短波治療等方式來緩解不適症狀。
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