導致患者出現扁桃腺炎的原因較多，如病毒、細菌感染等。如果想要使用藥物進行治療，則需要明確病因後，在醫生指導下選擇合適的藥物。
一、抗病毒藥物
阿昔洛韋(Aciclovir)
：對於單純皰疹病毒感染引起的扁桃腺炎有較好的療效，用藥之後可以抑制單純性皰疹病毒的複製，並且能夠促進受損細胞的修復，達到消腫止痛的作用。
伐昔洛韋
主要針對的是水痘-帶狀皰疹病毒感染所引起扁桃腺炎，具有一定的效果。該藥能特異性地結合在病毒DNA多聚酶Ⅲ的亞單位，阻斷其與單鏈DNA的結合而發揮抑制和殺滅病毒作用。
更昔洛韋(Ganciclovir)
：屬於鳥苷類似物，可抑制HSV和VZV的核酸合成及複製，對多種皰疹病毒有較強的抑制作用，因此也可以用於治療由巨細胞病毒或其他皰疹病毒感染所致的扁桃腺炎。
其他
對於流感病毒引起的扁桃腺炎，還可以遵醫囑服用克流感(Oseltamivir)等藥物來治療。
二、抗生素類藥物
盤尼西林類
如果是溶血性鏈球菌感染引起的扁桃腺炎，可以在醫生指導下口服阿莫西林+克拉維酸鉀(Amoxicillin+Clavulanate)、氨苄西林丙磺舒膠囊等藥物來進行治療。
頭孢類
如果是葡萄球菌、肺炎鏈球菌以及革蘭陰性桿菌等細菌感染引起的扁桃腺炎，可在醫生指導下服用希復欣敏(Cefixime)分散片、頭孢呋辛酯(Cefuroxime Axetil)顆粒等藥物進行治療。
三、非類固醇抗發炎藥解熱鎮痛藥物
當患者的扁桃腺發炎時會出現較為明顯的咽部不適感，吞咽困難或下頜淋巴結腫大等症狀，此時可在醫生指導下適當應用布洛芬（Ibuprofen）、雙氯芬酸鈉(Diclofenac sodium)等藥物進行改善。
四、中成藥
藍芩口服液
具有清熱解毒、瀉火利咽的功效，主要用於急性咽炎、急性扁桃腺炎、肺胃實熱證所引起的咽喉疼痛、紅腫、咽乾、咽痛、咽部灼熱等症狀。
蒲地藍消炎口服液
具有清熱解毒、抗炎消腫的功效，可用於癤腫、腮腺炎、咽炎、扁桃腺炎等疾病。
口炎清顆粒
是由中藥成分組成，具有疏風散熱、清熱解毒的功效，適用於外感風熱所致的喉痺、乳蛾、咽乾、咽痛、聲音嘶啞、發燒惡寒、頭痛目赤、鼻流濁涕、咳嗽咳痰不爽等症狀。
金嗓開音丸
具有化痰開音、利咽止痛的功效，適用於急慢性喉炎、聲帶小結、聲帶息肉、急慢性扁桃腺炎等病症屬熱痰雍滯證者。
六神丸
具有清涼解毒、消腫止痛的功效，可用於急性扁桃腺炎、急性咽炎、急性支氣管炎以及喉嚨腫痛、牙齦腫爛、口舌生瘡、咽喉炎、喉痺、口糜諸症。
除了上述藥物以外，患者還可遵醫囑服用牛黃上清片、復方草珊瑚含片等藥物進行治療。日常生活中要注意飲食清淡，避免食用辛辣刺激性的食物，以免加重病情。
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