如果出現牙痛引起扁桃腺發炎的情況，需要及時進行抗感染治療、止痛治療。另外，還需要積極治療牙齒疾病，如根管治療等。
一、抗感染治療
盤尼西林類抗生素
比如阿莫西林（Amoxicillin）、氨苄西林膠囊等藥物，具有較好的抗菌作用，可以抑制敏感菌的生長和繁殖，並且不會導致抗藥性產生。
頭孢類抗生素
比如希復欣敏(Cefixime)分散片、頭孢呋辛酯(Cefuroxime Axetil)顆粒等藥物，屬於廣譜抗生素，對於多種細菌有較強的殺傷力，能夠起到消炎的作用。
二、止痛治療
如果是急性化膿性的發炎反應，容易誘發明顯的疼痛症狀，可以在醫生指導下使用布洛芬（Ibuprofen）或者雙氯芬酸鈉(Diclofenac sodium)腸溶片等非類固醇抗發炎藥（NSAID）物緩解疼痛的症狀。但需要注意的是，此類藥物不建議長期服用，以免對胃腸道造成刺激。
三、抗感染治療
患者可遵醫囑口服或靜脈注射上述抗生素類藥物控制感染後，再針對具體的病因進行針對性處理，具體如下：
蛀牙
若由於蛀牙引起的牙疼併發扁桃腺炎時，需將齲洞內的腐質去除，然後用口腔科專用的器械把腐質完全清除乾淨，最後用生理食鹽水沖洗齲洞，在齲洞內放置碘甘油等藥物幫助消炎，待發炎消除後再考慮補牙或者是拔除患牙。
智齒冠周炎
若因智齒萌出不全而引發區域性腫脹及張口困難時，則應由專業的醫師在局麻下切開黏膜並用探針找到盲袋引流出其中的膿液，同時應用足量的盤尼西林類抗生素來預防和控制繼發感染。當膿腔較大時，還需行冠周齦瓣切除術以防止反覆發作。
根尖周炎
若為急性的根尖周炎則可在專業醫師的操作下進行開髓引流手術，使根尖滲出物透過根管、黏膜排出，從而減輕壓力，達到減壓目的。此外還應在麻醉的情況下完成根管治療，即清除根管內的壞死組織以及碎屑，並保持通暢引流，之後嚴密充填根管即可。
其他情況
若是牙髓炎所致的不適症狀，則需要進行相應的根管治療，即將感染的牙髓徹底清理並將根管內部完全消毒，然後再嚴密充填根管。若已經形成竇道，則需要定期換藥直至癒合為止。而對於牙齦炎等情況所造成的不適症狀，則僅需採用雙氧水擦拭牙齦部位，必要時還可塗抹複合苯甲酸(Benzoic acid)軟膏等藥物改善病情。
日常生活中要注意做好口腔衛生工作，養成早晚刷牙的好習慣，飯後可用清水漱口，避免食物殘渣長時間堆積於口腔中。同時還應注意合理飲食，儘量以清淡的食物為主，多吃新鮮的水果和蔬菜，避免進食辛辣刺激性食物，以免加重不適症狀。
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